Câu chuyện diễn ra sau Blood-C. Mùa đông, thành phố Tokyo. Mặc dù áp dụng pháp lệnh dành cho thanh thiếu niên để thi hành lệnh giới nghiêm đối với trẻ vị thành niên và điều chỉnh việc sử dụng Internet, nhưng giới trẻ vẫn đấu tranh cho quyền tự do của họ thông quả một phương pháp ngầm. Một trong những nhóm đó tự gọi mình là Surat. Họ đã quyết định đưa Fumito Nanahara vào nhóm, một người đàn ông có tầm ảnh hưởng lớn về mặt chính trị trên thế giới, nắm quyền kiểm soát Tokyo. Trong khi việc sử dụng Internet như một vũ khí để phát hiện các thông tin về Fumito, họ biết đến “Tower”, một tổ chức bí mật đằng sau Fumito tham gia vào việc thí nghiệm trên con người. Khi các thành viên của Surat phục kích trên tàu điện ngầm đề tìm ra sự thật đằng sau “Tower”, một sinh vật bí ẩn đột ngột xuất hiện tấn công các hành khách trên con tàu này. Trong tình thế hỗn loạn này, Saya xuất hiện – một cô gái trẻ sử dụng thanh kiếm Nhật để giết chết Old Ones (những sinh vật cổ đại, thực thể có sức mạnh siêu nhiên thường xuất hiện trong những yếu tố kinh dị). Saya đã mất tất cả mọi thứ tại sự kiện kinh hoàng tại khu vực Ukishima (Blood-C). Những loại “thí nghiệm” mà Fumito và “Tower” đang cố gắng tiến hành bằng việc sử dụng Old Ones? Và có thể Saya sẽ trả thù Fumito vì những điều mà chúng gây ra? Ngay bây giờ, trận chiến bắt đầu.
