Những Cô Gái Phép Thuật kể về Hazuki Kagimura – một cô gái bình thường sống cuộc sống rất cô độc. Vì mối quan hệ giữa cô và gia đình mới của mình không tốt đẹp lắm, nên cô thường thu mình vào thế giới của những câu truyện, và những cuốn sách. Ngày nọ, sau khi tan học, cô đến thư viện như thường lệ, ngờ đâu một kệ sách trong thư viện đã hút cô vào thế giới của một ngội trường phép thuật, tại đó cô đã gặp Shizuka Tsuchimikado. Hazuki đã nhận ra rằng các nữ sinh nơi đây đều được lựa chọn bởi những câu truyện cổ tích để sử dụng phép thuật và ngôi trường này chính là nơi đào tạo họ cách sử dụng phép thuật ấy. Những cô gái được lựa chọn bởi các câu truyện như Công chúa ống tre, Issun-boshi, Der Freischütz, Shuten-doji, Cô bé bán diêm, Nhổ củ cải, Truyền thuyết vua Arthur và Trường ca Rama. Cô bé Hazuki được lựa chọn bởi câu chuyện Cô bé Lọ Lem. Từ đó, cuộc sống mới đầy sắc màu của cô đã được mở ra.
