Con Tàu Không Gian kể về Suzuhara Sorata sống ở thời Heisei vô tình đi xuyên thời gian đến một nơi xa lạ. Tại đó, anh gặp 3 cô gái trẻ và 9 chàng trai. Họ cùng nhau gia nhập vào hành trình trên tàu Norm