Tiếp theo câu chuyện của movie Ghost in the Shell đầu tiên, Major Motoko Kusanagi đã bỏ cơ thể của mình và trở thành một ghost sống trên mạng Net. Người còn lại Batou một trong những nhân viên giỏi nhất của cục 9, một lực lượng đặc biệt giải quyết những vấn đề giữa con người và máy móc, lần này Batou có nhiệm vụ điều tra một chuỗi các vụ giết người hàng loạt mà thủ phạm là các gynoids, các robot được thiết kế có hình dáng giống phụ nữ. Cùng với cộng sự Togusa (một trong những người chưa trở thành cyborg), Batou điều tra nguyên nhân các gynoid nổi loạn….
