Trong tương lai gần, một thiên thạch mang theo loài virus lạ (Apocalypse Virus) rơi xuống Nhật Bản, dẫn đến một thảm họa sinh học với quy mô trên toàn quốc gia. Và để giúp đỡ Nhật Bản, một tổ chức quốc tế mang tên là GHQ đã ra mặt ứng cứu. Tuy nhiên, thứ mà Nhật phải đánh đổi lại chính là nền độc lập.10 năm sau đó (năm 2039), một cậu học sinh cấp 3 tên là Ouma Shuu – người có một sức mạnh đặc biệt được đánh thức bởi Apocalypse Virus – tình cờ gặp gỡ một cô gái tên là Yuzuriha Inori đang bị GHQ truy sát. Kể từ từ đó, cuộc đời của cậu bị cuốn vào chuỗi những bí ẩn chưa có lời giải đáp…
