Câu chuyện trong Phim Infinite Dendrogram, xoay quanh một cậu học sinh có tên là Reiji Mukudori, hiện tại cậu đã đến tuổi trưởng thành, nay đã sắp thành sinh viên đại học, vì vậy mà cậu đã có thể mua game về chơi. Cùng với sự giúp đỡ của anh trai mình là Shu và người bạn Embryo, Reiji bắt đầu chuyến phiêu lưu vào thế giới Infinite Dendrogram. Một cuộc hành trình đầy thú vị đang chờ đón Reiji và những người bạn.