Kết Nối Trái Tim dựa trên light Novel của tác giả Sadanatsu Anda, được minh họa bởi Shiromizakana. Câu chuyện kể về 5 học sinh trung học: Taichi Yaegashi, Iori Nagase, Himeko Inaba, Yui Kiriyama và Yoshifumi Aoki – 5 thành viên của Câu lạc bộ nghiên cứu Văn hóa. Vào một ngày, họ bắt đầu bị hoán đổi linh hồn cho nhau do sự tác động của một người được biết đến cái tên Heartseed. Điều này xảy ra không được báo trước đã khiến cho cuộc sống của họ trở lên mất kiểm soát. Với mỗi khi Heartseed tác động (hoán đổi linh hồn, không điều khiển được hành động của mình, truyền ý nghĩ của mình cho người khác…), các thành viên trong câu lạc bộ Văn hóa tìm cách thoát khỏi chúng. Qua mỗi tình huống được tạo ra bởi Heartseed, quá khứ của các nhân vật dần được hé lộ cùng với những vết sẹo trong trái tim của họ. Mối quan hệ của các thành viên trong câu lạc bộ cũng bắt đầu thay đổi