Câu chuyện diễn ra 12.000 năm sau khi bộ phim Aquarion đầu tiên được trình chiếu, diễn ra tại một thành phố Hong Kong thời hiện đại. Một nhân vật mới xuất hiện, phi công mới của 1 Aquarion khác, sẽ chiến đấu chống lại kẻ thù từ những không gian khác xâm chiếm, phi công mới của 1 Aquarion khác, sẽ chiến đấu chống lại kẻ thù từ những không gian.