Zetsuen No Tempest là câu chuyện xoay quanh Mahiro Fuwa, một thiếu niên có em gái bị giết một cách bí ẩn một năm trước, và bạn của anh là Yoshino Takigawa. Mahiro được liên lạc bởi Hakaze Kusaribe, lãnh đạo của gia tộc Kusaribe, người đã bị mắc kẹt trên một hòn đảo hoang vắng chưa được biết đến bởi những người theo cô, và đồng ý giúp Hakaze để đổi lấy sự giúp đỡ của cô để tìm ra thủ phạm cho cái chết của gia đình ông. Sau khi biết được ý định của bạn, Yoshino tham gia vào cuộc tìm kiếm của mình để chống lại phần còn lại của gia tộc Kusaribe, người có ý định đánh thức Tree of Exodus mà quyền lực của nó có thể làm hỏng cả thế giới.