Anime dựa trên trò chơi năm 2017. Nó theo sau android 2B và 9S trong sứ mệnh dọn sạch Trái đất khỏi các dạng sống máy móc có hại. Câu chuyện của trò chơi kết hợp nhiều cách chơi khác nhau, vì vậy người chơi phải chơi nhiều lần để tìm hiểu chuyện gì đã xảy ra và nhìn nó từ các quan điểm khác nhau. Do đó, Nó khám phá các khái niệm triết học nghiêm túc và thúc giục người chơi suy ngẫm về vị trí của họ.
Mặc dù, kết thúc A của NieR: Automata chỉ là một phần của câu chuyện trong trò chơi, nhưng để chứng kiến toàn bộ câu chuyện, người chơi phải chơi cho đến khi kết thúc E. Những kết thúc này thể hiện câu chuyện từ các góc độ khác nhau. Vì vậy, việc Taro thay đổi phần cuối của anime là điều hiển nhiên. Nhưng sản phẩm cuối cùng vẫn chưa được ra mắt cùng với một đoạn giới thiệu chính thức!
