Nội dung trong bộ anime Shadowverse là câu chuyện tập trung vào nhân vật chính có tên là Hiiro Ryūgasaki, hiện tại anh đang là một học sinh tại Học viện Tensei. Hiiro đã có được một chiếc smartphone bí ẩn thông qua các sự việc kỳ lạ.
Chiếc smartphone này đã được cài đặt game kỹ thuật số “Shadowverse”. Thông qua tựa game này, Hiiro đã gặp được các đối thủ, tham gia các giải đấu và hình thành mối quan hệ từ đó với nhiều người khác. Câu chuyện kể về cuộc hành trình của Hiiro sẽ diễn ra như thế nào?