Siêu Việt là câu chuyện về một AI (Trí thông minh nhân tạo) siêu việt, vượt xa hẳn trí thông minh của loài người; những tồn tại mà nhân loại không thể nắm bắt được, được tạo nên từ những vật chất quá tiên tiến so với công nghệ của con người đã được ra đời. Lacia, một hIE được bao bọc trong chiếc hòm màu đen, là một trong những tồn tại như thế. Cuộc gặp gỡ định mệnh giữa Lacia và chàng trai Arato Endo 17 tuổi đã bắt đầu mọi câu chuyện. Vì sao những tồn tại nhân tạo này lại được sinh ra? Giữa vòng nghi vấn về mối quan hện giữa nhân loại và các AI này, chàng trai 17 tuổi ấy đã đưa ra một quyết định…