Cốt truyện lấy bối cảnh giống như trong Toaru Majutsu no Index nhưng xoay quanh nhân vật nữ Misaka Mikoto – một trong các nhân vật chính và là bạn của Kamijō Tōma, cô là một trong bảy người có năng lực mạnh nhất trong thành phố – level 5- với khả năng sử dụng điện, cho thấy góc nhìn của một nhân vật khác về thế giới chung của hai tác phẩm; chủ yếu đào sâu vào sự việc liên quan tới các Siters, nhân bản và level upper.
